Le CNTS a été créé par Décret n° 2000-449/PRES/PM/MS du 26 septembre 2000 avec le statut d’Établissement public de l’Etat à caractère administratif (EPA). Il a par la suite été classé en Établissement public de santé (EPS) doté de la personnalité morale et de l’autonomie administrative et financière suivant le décret n°2006-448/PRES/PM/MS/MFB du 14 septembre 2006 portant création nominale des EPS. Son statut particulier est régi par le décret N°2015-1267/PRES-TRANS/PM/ MS/MEF du 9 novembre 2015. Son organisation est régie suivant l’arrêté n°2017-439/MS/CAB du 17 juillet 2017 portant organisation, attributions et fonctionnement du CNTS. Son siège est situé à Ouagadougou sur l’avenue de la Liberté. Le CNTS est l’opérateur unique du sang au Burkina Faso. Il est constitué de directions centrales et d’entités déconcentrées qui sont les Centres régionaux de transfusion sanguine (CRTS) et les Dépôts préleveurs distributeurs de produits sanguins (DPD/PS).

Les CRTS sont chargés d’assurer la mise en œuvre des activités de toute la chaîne transfusionnelle (promotion du don de sang, collecte, préparation, qualification biologique des dons (QBD), distribution des PSL et hémovigilance). Les DPD/PS ont les mêmes attributions que les CRTS en dehors des activités de QBD qui sont réalisées dans les CRTS de rattachement.

Le CNTS  est administré par un Conseil d’administration (CA) et dirigé par une Direction Générale qui assure la coordination des activités des différentes directions (Cf.  organigramme). Sa mission principale est d’approvisionner les formations sanitaires du pays en produits sanguins de qualité et en quantité suffisante, répondant aux besoins des malades, dans le respect de la sécurité du donneur et du receveur.